Zur Saison 1968/69 wurde Heinz Werner, der eine Ausbildung zum Diplomsportlehrer abgeschlossen hatte, Assistenztrainer von Horst Saß beim DDR-Liga-Aufsteiger BSG KKW Greifswald, wo er nach dem Weggang von Saß zum Oberligisten Hansa Rostock im Folgejahr Cheftrainer wurde. Nach nur einer Saison als Greifswalder Trainer folgte Werner seinem Vorgänger Saß zur Saison 1970/71 ebenfalls zum FC Hansa und wurde erneut dessen Assistenztrainer. 1973/74 übernahm Werner dann das Amt des Cheftrainers des Oberligisten, mit dem er zunächst den siebten Rang der Abschlusstabelle belegte.
Als Hansa aber in der Folgesaison Saison 1974/75 gegen den Abstieg in die zweitklassige DDR-Liga spielte, wurde Werner bei der Heimniederlage gegen Carl Zeiss Jena am 8. März 1975 noch während des Spiels durch den damals betrunkenen Parteifunktionär Harry Tisch aus seinem Amt entlassen und zwei Tage später durch Helmut Hergesell ersetzt. Die ganze Szene zur Entlassung hat „15 Sekunden gedauert“. Werner dazu im Interview: „Ich habe mich wieder auf die Bank gesetzt, das Spiel zu Ende gemacht und auch danach noch eine Woche weitergearbeitet, als wäre nichts passiert. Denn niemand hat mir gesagt, dass ich nicht mehr Trainer des FC Hansa bin. Eine Woche später bin ich offiziell verabschiedet worden.“