Mersad Selimbegović übernahm am 2. Januar 2024 die Profis des FC Hansa Rostock als neuer Cheftrainer und Nachfolger von Alois Schwartz. Zum Ende der Saison 2023/2024 stieg der gebürtige Bosnier mit dem Team als Tabellenvorletzter aus der 2. Bundesliga in die 3. Liga ab. Drei Tage später wurde sein und die Verträge seiner beiden Co-Trainer Nicolas Masetzky und Markus Palionis sowie von Athletiktrainer David Lechner nicht verlängert.
Mersad Selimbegović trainierte vor seiner Station in Rostock den SSV Jahn Regensburg und schaffte mit dem Team aus Bayern zwischen 2019 und 2022 dreimal in Folge den Klassenerhalt in der 2. Bundesliga. In der Saison 2022/2023 wurde der Fußballlehrer drei Spieltage vor Saisonende beurlaubt. Selimbegović betreute die Regensburger in 133 Zweitliga- und neun DFB-Pokalspielen als verantwortlicher Cheftrainer und war davor als Co-Trainer, im Nachwuchs-Bereich und als aktiver Spieler beim SSV Jahn tätig. Insgesamt verbrachte der aus dem bosnischen Rogatica stammende Selimbegović ununterbrochen die vergangenen 16 Jahre beim SSV Jahn Regensburg.