Nach drei Jahren Tätigkeit als DFV-Auswahltrainer und kurzzeitigem Engagement als Stützpunkttrainer des Bezirkes Rostock trat Gerhard Gläser zur Saison 1965/66 das Amt des Trainers beim DDR-Oberligisten SC Empor Rostock an, dessen Fußballabteilung noch im gleichen Jahr als Fußballclub Hansa Rostock aus dem Gesamtclub herausgelöst wurde. Nach einem vierten Rang in dieser Saison verfehlte die Rostocker Mannschaft ein Jahr später mit einem zehnten Platz die in sie gesteckten Erwartungen, erreichte aber den Einzug in das Endspiel um den DDR-Fußballpokal, das Gläsers Mannschaft aber mit 0:3 gegen Motor Zwickau verlor.
In der Saison 1967/68 hingegen spielte Hansa unter Gläser erfolgreicher in der Oberliga und wurde mit fünf Punkten Rückstand auf den FC Carl Zeiss Jena Vizemeister. Im damit erstmals in der Clubgeschichte erreichten internationalen Messepokal 1968/69 setzte sich Rostock in der ersten Runde gegen den OGC Nizza durch, schied aber in der zweiten Runde aufgrund der Auswärtstorregel gegen den AC Florenz aus. Als im April 1969 der FC Hansa endgültig seine Hoffnungen auf die DDR-Meisterschaft begraben musste, wurde Gläser noch während der laufenden Meisterschaft wieder durch seinen Vorgänger Lothar Wiesner ersetzt, der mit der Mannschaft schließlich den vierten Rang der Oberliga belegte.
Der gebürtige Magdeburger Gerhard „Pastor“ Gläser beendete 1974 mit 62 Jahren seine Trainerkarriere bei Chemie Wolfen und verstarb im Jahr 1995 mit 84 Jahren.