Hansa Rostock startete erfolgreich in den Landespokal Mecklenburg-Vorpommern und besiegte Landesligist SG 03 Ludwigslust/Grabow mit 9:0 (5:0). In die Torschützenliste der Hanseaten trugen sich der dreifache Torschütze Kucukovic sowie Savran, Blacha (je 2), Pekovic und Haas ein. Der von Olympiakos Piräus ausgeliehene Hansa-Grieche Nikolaos Ioannidis kam nach einer Stunde zu seinem Debüt als er für Plat eingewechselt wurde.
Der Drittligist verpasste durch eine 0:3-Niederlage gegen die TSG Neustrelitz im Finale des Landespokals 2012/13 zum ersten Mal in der Vereinsgeschichte den DFB-Pokal. Die Teilnahme am DFB-Vereinspokal soll in der aktuellen Saison entweder über den Gewinn des Landespokals oder den vierten Platz in der 3. Liga definitiv erreicht werden.