Am 17. November 2004 ersetzte Jörg Berger den Cheftrainer-Posten von Juri Schlünz beim FC Hansa Rostock, konnte den folgenden Bundesliga-Abstieg aber nicht verhindern. Nach dem erfolglosen Neubeginn in der zweiten Liga wurde der Vater dreier Kinder am 14. August 2005 entlassen.
Als Aktiver spielte er beim 1. FC Lok Leipzig. 1970 musste der Oberligaspieler jedoch wegen einer Muskelverletzung seine Karriere vorzeitig beenden und begann nach einem Studium an der DHfK Leipzig seine Trainerlaufbahn. Berger war in der DDR ein angesehener Fußballtrainer, der vorgesehen war, irgendwann die Nationalmannschaft als Nachfolger von Georg Buschner zu übernehmen. Berger war Trainer der Nachwuchs-Auswahlmannschaft der DDR, als er 1979 ein Spiel in Jugoslawien nutzte, um in den Westen zu flüchten. Dort übernahm er als erste Cheftrainerstelle 1979 die Mannschaft von SV Darmstadt 98 (2. Bundesliga).
Jörg Berger gilt als Motivationskünstler, der oft als Retter von abstiegsbedrohten Vereinen Erfolg hatte, jedoch selten die Chance bekam, eine Mannschaft über eine längere Periode aufzubauen. Berger wurde so der Feuerwehrmann der Bundesliga, nachdem er in der Frühphase seiner Trainerkarriere noch zweimal als 4. der 2. Fußball-Bundesliga knapp den Aufstieg in die 1. Fußball-Bundesliga mit dem KSV Hessen Kassel verpasste (1984, 1985).
Seine größten Erfolge waren zwei dritte Plätze in der Bundesliga mit Eintracht Frankfurt 1990 und mit dem FC Schalke 04 1996. Es blieb ihm jedoch nicht vergönnt, auch noch auf der Trainerbank zu sitzen, als Schalke 1997 den UEFA-Pokal gewann. Im Oktober 1996 wurde er durch Huub Stevens ersetzt. Letzter großer Erfolg von Jörg Berger war der Einzug ins Finale um den DFB-Pokal mit dem Zweitligaverein Alemannia Aachen. Jedoch wurde der Vertrag von Berger nach der Niederlage gegen den amtierenden deutschen Meister SV Werder Bremen und bei gleichzeitigem Nichtaufstieg in die Bundesliga in Aachen einvernehmlich zum 30. Juni 2004 aufgelöst.
Am 23. Juni 2010 erlag Jörg Berger seinem langen Krebsleiden, er wurde auf dem Friedhof des Duisburger Stadtteils Rahm beigesetzt.